微波消解儀常用酸一般是硫酸和硝酸，還有王水和氫氟酸。例如硫酸：硫酸是許多物質的有效溶劑，可全破壞幾乎所有的有機化合物，進行快速脫水炭化，熱的硫酸可用于有機組織。氫氧化物、金屬和礦石，微波消解儀須嚴格監控其溫度，因為其沸點超過許多微波消解儀內罐的限制溫度，多數情況下作為一種輔助酸。硝酸是一種具有強氧化性、腐蝕性的強酸，屬于一元無機強酸，是六大無機強酸之一，也是一種重要的化工原料。