市場上微波消解儀的控溫方式有紅外控溫、熱電偶控溫、鉑電阻控溫、光纖控溫等控溫方式。紅外控溫其工作方式是在相應距離下掃描和監測溫度紅外數據，系非接觸式控溫，故其準確性較差，控溫精度不高。

  微波消解儀熱電偶控溫通過冷熱端電勢差測試相對溫度，由于易引起天線效應干擾微波場的均勻性，故容易產生電火花導致安全事故。并且在微波場下有自熱效應即不能測定罐內實際溫度。

  鉑電阻控溫利用變化影響鉑金導體內自由電子束的電導率技術通過阻抗變化測試熱力學溫度，輸出信號響應，精度較高。但是同樣會有天線效應，容易產生電火花導致安全事故。

  微波消解儀光纖控溫采用直接光纖溫度測量法，不受微波場影響，可以提供高精度測量，具備信息反饋及時、控溫準確，不存在安全隱患，是目前較理想的微波消解儀控溫方式。